O Protocolo de Funcionamento orienta a organização e as práticas do FEMINORTE, estabelecendo diretrizes para a prevenção e o enfrentamento de todas as formas de violência, assédio e discriminação. Baseado no compromisso com os direitos humanos, o documento assegura transparência, democracia interna, proteção de dados e a construção de um espaço seguro, inclusivo e livre de opressões. Revisado em 2025, está alinhado à Lei Geral de Proteção de Dados (Lei nº 13.709/2018) e às boas práticas de governança digital.